씨네21에 애니메이션 부분을 제작한 이종혁 감독 인터뷰 기사가 있습니다.
http://www.cine21.co.kr/kisa/sec-002100102/2001/11/011130095616104.html
작업과정은 <와니와 준하>DVD 를 보시면 좋을 것 같네요.

일단 실사로 촬영한뒤 촬영한 이미지를 한장한장씩 유리판 뒤에서 영사기로 쏴주고 그것을 애니메이터가 따라서 그리면 됩니다. 그러니까 한프레임씩만 돌리고 멈출수 있는 필름프로젝터가 필요하고 기름종이에다가 그림놓고 베끼듯이 그리는 거죠. 개념적으로는 간단한데 이것이 필름에도 쓰이고, 요즘에 삼성 SDI광고 같은데서 쓰리디의 비사실적 적용(NPR)에도 쓰이는 등(물론 개념적으로만) 촬용도가 큰것 같네요. 참, 요즘에는 물론 디지탈로 (애프터 이펙트에서도 지원하던데요) 많이 작업하겠죠. 원리는 다 비슷하지만요.

촬영분을 24프레임으로 조정한 뒤에 한 장씩 출력해서 작업해도 되지요. 애프터 이펙트 같은 것으로 리터치 하는 것은 손쉽긴 하지만 티가 많이 날거에요. 수작업으로 작업하면서 창의적으로 손도 보고...하는게 제일 깔끔하겠지요.

유리판에 영사방식은 옛날 방식이구요
디지털캠코더로 실사 촬영뒤 컴퓨터로 불러와 시퀀스 파일로 다 뽑아서 페인터란 프로그램에 가져가서 라인을 다 따서 그립니다.
그런 뒤 출력해서 수채화로 채색하구요 다시 스캔해서 페인터 프로그램에서 수채화 리터칭, 포토샵에서 조정을 합니다. 수채화 작업과 디지털 작업을 병행해서 했습니다. 최종적으로는 에프터이펙트에서 마무리했구요.