그대로 바로 편집하기에는 무리가 많이 되는 포멧입니다. 영상코덱을 바꾸는 프로그램은 여러가지가 잇습니다. 

캐논의 웹사이트에서도 하나 공짜 다운가능하구요. mpegstream라는것두 있고....좀더 웹리서치 하시면 스스로 찾을수 있을겁니다.

cs5 cuda 면 잘됩니다

바꾸세요

혹은 원하는 코덱으로 변경해서 사용하는 방법이 있답니다

cs5 premiere / canon eos 프리셋 + 머큐리엔진 활성화(그래픽카드 지원 안되면 생략) ....이렇게 해도 안되면 컴사양 문제입니다.. cs4는 확실히 모르겠습니다. 업그레이드해서  canon eos 프리셋이 나오는지 확인하세요...

컴사양 문제가 아닐런지요?ㅎㅎ;;

1. 하드웨어 사양을 올린다.

CPU를 가장 빠른놈으로 바꾸고,

특히 CUDA지원하는 NVIDIA계열의 비디오 카드 중 CUDA 코어가 많은 제품으로 바꾸고

프리미어CS5에서 머큐리엔진을 활성화 시켜주면 큰 도움이 됩니다.

2. 적당한 매개코덱으로 전환한다.

하드웨어 업그레이드는 여러모로 번거로우므로

하드웨어 업그레이드 없이 편집을 원하신다면 적당한 매개코덱으로 변환을 하면 됩니다.

팟인코더에서 재인코딩을 했다고 하셨는데,

그때 사용한 코덱이 비슷한 계열의 압축코덱이어서 상황이 달라지지 않은것입니다.

편집용의 매개코덱으로 전환을 하시면 해결됩니다.

hshin2000님이 말씀하신 prores가 대표적인데 안타깝게도 OSX전용이고요,

윈도우에서 사용가능한 매개코덱으로는 Cienform사의 Neo코덱, Canopus HQ 코덱 등이 있습니다.