CS 쪽 관련 질문같군요.. 전 FCP 쪽이라.. 정확히는 답변 못드리겠지만
같은 타임라인에..여러개 파일은 넣는 다는 말이.. 같은 트랙에 믹싱을 하신다는 말인지..
아님 같은 트랙에 나열을 하신다는 말씀이신지..
구지 같은 트랙에 나열을 하지 않으셔도 결과물에서는 다 믹싱되어서 합쳐지는 것을요..
정 안된다면 여러개의 트랙을 사용하셔도 크게 상관은 없을텐데요.. 저는 작업을 마칠때면 항상 영상, 사운드 안 가리고 10트랙 정도는 가지고 작업하는데요..^^;;
클립이 이동이 안됀다라.... may be... 트렉이 잠겨있거나..(열쇠모양 확인), 음악속성이 서로 달라서 안되는 것일 수도 있습니다. 1번트랙의 파일 속성이 1채널(모노)인데 3번트렉에 있는 2채널(스트레오) 음악파일을 렌더링 없이 이동하려 한다거나.. 동영상과 사운드가 하나의 클립으로 링크되어 있는 트랙인데.. 해제 하지 않고 강제로 삽입하려 한다거나..
이와 유사한 경우 일 수도 있겠네요.
아마 전자 인것 같습니다. 음악 속성과 트랙의 속성 맞는지 확인 해보시구요.
다르다면 음악파일을 트랙속성에 맞게 랜더링이나 재인코딩 하시던가.. 트랙 속성을 바꿔보세요.

만약 프리미어라면...그리고 버전이 좀 전 버전일 경우 오디오 트랙 속성때문에 그럴 수 있습니다.
일단 타임라인이라는 거는 전체 시간이 흘러가는 트랙들을 통틀어서 말하는 겁니다. 프리미어에서는 씨퀀스라고 하지요.
그 씨퀀스-타임라인 아래에 비디오 트랙과 오디오 트랙 여러개가 있는 거지요. 그런데 프리미어에서 기본으로 시퀀스 만들어지는 것은 비디오 두 트랙, 오디오 3인가 4인가 만들어 질 것입니다. 그 중 제 기억으로 어떤 것은 모노채널로 만들어지든가 했었습니다. 그런 경우 mp3 오디오 파일이 안올라왔던 기억이 나네요. 2.0은 그런 문제가 없는데 구형 버전에서 그런 적이 있었습니다. 한번 확인해 보시고 새로 트랙을 만들어 사용하시면 되지 않을까 합니다.